本論文主要藉由討論台灣日治時期瘧疾之防治，以瞭解台灣瘧疾研究發展及防疫組織，此外並探究台灣醫學研究與殖民關係，分析其在疾病防治上之意義。
除第一章緒論及第五章結論外，主要論述共有三章。第二章為討論日治前後台灣衛生狀況，以及台灣亞熱帶瘴癘風土對日人殖民施政所造成之衝擊。說明日人2次侵台因瘧疾流行造成軍隊損失慘況，顯示外來者不適應風土性疾病，並分析初期總督府在防疫上之困境。
第三章探討瘧疾研究發展。1899年萬巴得(Dr. Patrick Manson)才證實瘧疾是由瘧蚊傳播，總督府急需針對瘧疾進行研究與調查。民政長官後藤新平以其醫學背景，上任後建立疾病研究機構，以官方力量支持醫學研究發展，因此瘧疾研究成果豐碩，在日治末期時已研製適合大眾之治療藥劑。
第四章瘧疾防治推動，係建立在第三章研究成果之上。防疫工作成效奠基於民間力量、衛生行政、醫療技術之協調配合。總督府之防疫計畫必須考慮台灣傳統社會之獨特性，增加社會控制力量。總督府根據研究成果擬定防瘧方針，由基層之衛生警察與保甲制度來推行防瘧工作，及推展衛生教育。
在疫情處理方面，總督府劃分防疫地區，建立疫情通報與瘧患投藥等工作。整體工作以治療病患為主，整頓環境為輔。
第五章為評估總督府瘧疾防疫工作，並提出殖民醫學特色及其影響。

This dissertation is aimed at the medical prophylaxis and treatment against malaria during the time when Japan colonized Taiwan. This is to understand the development of medical research and of the prophylactic organization on malaria. Furthermore, it will inquire into the relationship between medical research and colonial policy in Taiwan, therewith analyze its significance for the prophylaxis and treatment.
Apart from the first chapter as an introduction and the fifth as a conclusion, the main arguments are divided into three parts. The second chapter will deal with the hygienic condition of the pre-colonized Taiwan as well as the impact the semi-tropical diseases brought upon the Japanese colonial administration. It will explain the great loss Japanese army suffered on account of malaria in its two invasions so that it can reveal how the external invaders could not adjust themselves to the endemic diseases and, with this, can analyze the dilemma the early governors found themselves in with their medical policy regarding endemic diseases.
The second chapter explores the development of the medical research on malaria. It was only in 1899 that Dr. Patrick Manson proved that malaria was transmitted by malaria mosquitoes (anopheles). Then governors then started in haste a program of research and investigation into this disease. The chief of civil administration Goto Shimpei, because of his medical background, set up research institutes on endemic diseases after assuming his position, and used public resources to support this medical research and achieved a great deal as a result, which was able to produce medicament for the general public in the latter part of Japanese colonization.
The fourth chapter is about the prophylactic campaign, based on what has been explored in the third chapter. The success of prophylactic measures relied on the coordination and cooperation of popular organization, hygienic administration as well as the medical skill. The general policy of medical prophylaxis and treatment adopted by the governors had to take into account the special characteristics of Taiwanese tradition society so that it could have a better social enforcement. The governors drafted the guidelines according to medical research, which were then carried out by hygienic policemen and neighborhood organization; they would campaign together for the prophylactic measures as well as promote a hygienic education.
The governors in dealing with endemic situation would divide it into different areas, set up a report system to pass on information and offer medical treatments for the victims. The general approach had its main focus on the medical treatment of victims and laid a lesser stress on a cleaning up of the living environment.
The fifth chapter is to assess the effectiveness of medical prophylaxis and treatment against malaria adopted by the governors and to point out the features and the influence of this colonization medicine.

一、專書
日文資料
1.羽鳥重郎、荒井惠著，通俗臺灣衛生，台北，臺灣日日新報社，大正6年。
2.丸山芳登，日本領時代にした—台灣の衛生成績，橫濱 ，昭和32年。
3.丸山芳登著，臺灣の衛生事情と其保健生活，臺北，杉田書店，昭和4年。
4.近衛師團軍醫部征台衛生彙報，明治29年。
5.謝萬福，麻拉里亞治療論，花蓮港，昭和8年（1933年）。
6.森滋太郎，台灣竹頭崎庄に施行したるマラリア撲滅報告，總督府警務局衛生課。
7.臺南州，台南州衛生概況，昭和15年。
8.台灣地方病及傳染病調查委員會，台灣に於ける地方病分佈調查第一回報告，總督府台灣地方病及傳染病調查委員會，1906年。
9.台灣總督府警務局編，「台灣總督府警察沿革制」卷一，日本東京，1986年 9月30日複刻板出版。
10.竹越與三郎，台灣統治志，台北，成文出版社，1905年。
11.鶴見祐輔，後藤新平傳，後藤新平伯傳記編纂會卷一，1937。
12.日日新報社，內地人の健康法，日日新報社，1906年。
13.飯島涉著，マラリアと帝國，日本，東京大學出版會，2005年6月初版。
14.富士川游，日本醫學史，東京，日新醫學社，昭和15年。
15.台灣總督府研究所，台灣總督府研究所一覽，台灣總督府研究所，1916年。
16.總督府警務局衛生課，台灣マラリア統計，總督府警務局衛生課，大正15年。
17.臺衛新報社編，台灣衛生年鑑，台北，台衛新報社 , 昭和9年（1932年）。
18.臺灣公醫會，臺灣衛生狀態，台北，臺灣公醫會，杏林舍， 明治43年。
19.臺灣拓殖株式會社調查課，臺灣に於ける規那栽培事業概要，台北，1940年。
20.臺灣總督府，臺灣總督府中央研究所衛生部年報，第3-6號，昭和10-12年
21.臺灣總督府警務局，臺灣警察及衛生統計書，臺北，臺灣總督府警務局，昭和4。
22.臺灣總督府警務局衛生課，マラリア防遏誌，臺北，臺灣總督府警務局衛生課，昭和7。
23.臺灣總督府警務局衛生課，臺灣マラリア統計，臺北，臺灣總督府警務局衛生課，大正14-15年。
24.臺灣總督府警務局衛生課，臺灣衛生，臺北，臺灣總督府警務局衛生課，昭和12、15年。
25.臺灣總督府研究所，臺灣總督府研究所報告，臺北，臺灣總督府研究所，大正7。
26.臺灣總督府中央研究所，台灣總督府中央研究所概要，昭和10年。
27.臺灣總督府中央研究所，台灣總督府中央研究所例規，臺灣總督府中央研究所，昭和9年。
28.臺灣總督府中央研究所，臺灣總督府研究所一覽，大正5年。
29.臺灣總督府中央研究所，臺灣總督府中央研究所衛生部業績集，臺北市，臺灣總督府中央研究所。
30.臺灣總督府熱帶醫學研究所，熱帶醫學研究，台北市，臺灣總督府熱帶醫學研究所，昭和19年5月。
31.臺灣總督府民政部，臺灣衛生概要，臺北，臺灣總督府民政部，大正2年。

中文資料
1.E. Garnot著，黎烈文譯，法軍侵台始末，台灣文獻叢刊第73種。
2.Erwin H. Ackerknecht 著、戴榮鈐譯，醫學史概論，臺北縣；國立中國醫藥研究所，民72。
3.G. L. Mackay著，周學普譯，台灣六記，台灣研究叢刊第69種，台灣銀行經濟研究室，49年 1月出版。
4.James W. Davidson 著，蔡啟恆譯，台灣之過去與現在，台灣研究叢刊第 107種。
5.John F. Warin、Alastair G. Ironside、Bibhat K. Mandal著，毛文秉譯，傳染病防治，臺北茂昌圖書有限公司，民國71年12月初版。
6.Mcneill, William H.著，楊玉齡譯，瘟疫與人，天下遠見出版社，1998年 4月。
7.Roy Porter著，王道還譯，醫學簡史，台北城邦文化事業股份有限公司，2005年10月出版。
8.北岡伸一著，衛建雄譯，後藤新平傳：外交與卓見，臺北，臺灣商務，2005。
9.台灣省文獻委員會，台灣省通志稿政事志保安篇、衛生篇，南投：台灣省文獻委員會，1959。
10.白榮熙，臺灣地區公共衛生發展史大事記，行政院衛生署，1999。
11.矢內原忠雄著，周憲文譯，日本帝國主義下之台灣，台北：海峽學術出版，1999年10月。
12.石萬壽教授，甲仙鎮海軍墓勘查研究，內政部民政司史蹟維護科委託研究，1991年 5月。
13.行政院衛生署，臺灣地區公共衛生發展史，行政院衛生署，1995。
14.行政院衛生署，臺灣撲瘧紀實，行政院衛生署疾管局，1993。
15.行政院衛生署預防醫學研究所，行政院衛生署預防醫學研究所研究報告彙編。
16.余文儀，續修台灣府志卷十三風俗一氣候，台灣文獻叢刊第121種。
17.李中章，傳染病與流行病管制，國興發行，民國72年。
18.李廷安，中外醫學史概論，臺灣商務，1977。
19.李鴻章，李文忠公全集，臺北巿，文海出版社，民國57年。
20.李騰嶽，台灣瘧疾防治簡史，台灣醫學會雜誌，第53卷，1954年。
21.阮旻錫：海上見聞錄，永曆15年12月，台灣文獻叢刊第24種，臺北台灣銀行經濟研究室，民國47年。
22.柯培元，噶瑪蘭志略卷首天文志氣候，台灣文獻叢刊第92種。
23.柏特門 (Bettmann, Otto L.) 著、李師鄭譯，世界醫學史話，臺北，民生報社，民國69年。
24.洪有錫譯，小田俊郎著，台灣醫學五十年，台北，前衛出版社，1995年版。
25.范燕秋，宜蘭縣醫療衛生史，宜蘭縣政府出版，民國93年。
26.范燕秋，疫病、醫學與殖民現代性：日治台灣醫學史，台北稻鄉出版社，民國94年 3月初版。
27.若伊‧波特（Roy Porter）著，王道還譯，醫學簡史，台北，城邦文化事業股份有限公司，2005年10月出版。
28.述報法兵侵台紀事殘輯，台灣文獻叢刊第192 種。
29.馬提伊本納(Marti-Ibanez, Felix著，葉頌壽、葉頌熙譯 ，西方醫學史，臺北，當代醫學雜誌社，民國67年。
30.張珣，疾病與文化，台北市：稻鄉出版社，2000。
31.許佩賢譯，攻台見聞：風俗畫報‧台灣征討圖繪，遠流出版事業股份有限公司，1995年12月25日初版一刷。
32.許佩賢譯，攻台戰紀：日清戰史‧台灣篇，遠流出版事業股份有限公司，1995年12月15日出版一刷。
33.許錫慶，臺灣總督府公文類纂衛生史料彙編 :明治二十九年四月至明治二十九年十二月
34.許錫慶，臺灣總督府公文類纂衛生史料彙編 :明治三十四年十二月至明治三十七年十二月
35.連日清，臺灣蚊種檢索 =Pictorial keys to the mosquitoes of Taiwan，臺北，藝軒，2004。
36.連日清，醫學昆蟲學，南山堂出版，1988。
37.陳永興，台灣醫療發展史，月旦出版公司，2000年 1月一版三刷。
38.陳拱北預防醫學基金會，公共衛生學，巨流出版，1989。
39.陳衍，台灣通紀，台灣文獻叢刊第 120種。
40.陳淑均，噶瑪蘭廳志，卷五上風俗上飲食，台灣文獻叢刊第160種。
41.陳淑芬，戰後之疫：台灣的公共衛生問題與建制 (1945-1954)，臺北，稻鄉出版社，民國89年。
42.陳紹馨，台灣之人口變遷與社會變遷，臺北，聯經出版社，1979。
43.陳勝崑，中國疾病史，橘井文化，1992。
44.陳勝崑，近代醫學在中國，當代醫學雜誌社，1978。
45.黃武東、徐謙信編，賴永祥增訂，台灣基督長老教會歷史年譜，人光出版社，1995年。
46.楊炳炘譯，人類傳染病防治手冊（contral of Comm-unicable Diseases in Man），臺北：合記圖書出版社，71年 9月 3版。
47.蔣師轍，臺游日記，光緒十八年六月，台灣文獻叢刊第6種。
48.衛生處瘧疾研究所，瘧疾根除在台灣，臺灣省政府衛生處瘧疾研究所，民60。
49.鄭用錫，北郭園詩鈔，台灣文獻叢刊第41。
50.賴永祥，在旗後建立教堂，教會史話第二輯，人光出版社，1990年。

期刊論文
日文
1.荻原正夫，台灣と衛生警察，台灣警察協會雜誌第115號，大正15年元月，頁187。
2.宮原初南，マラリア，台灣學校衛生，第2號，昭和13年12月，頁1-5。
3.青木赳雄，タブミノ魚（關於大肚魚），台灣博物學會會報，6（24）1916年，84-102。
4.台灣醫學會雜誌，台灣醫學會創立之顛末，台灣醫學會雜誌創刊號，明治35年9月，頁3。
5.台灣醫學學會雜誌，台灣醫學會第二回大會誌，台灣醫學學會雜誌第29號1905年1月，頁1-114。
6.堀內次雄，台灣從軍記，民俗台灣第 2卷第10期，昭和17年4月。

中文
1.台南府教會報，第87張，消息，裝序18年閏6月，頁49。
2.呂哲奇，日治初期的臺灣北部衛生工程之建設事業——以臺灣衛生工程顧問技師爸爾登（W. K. Burton）為中心，臺灣史料研究，台北市，台團法人吳三連臺灣史料基金會，第13卷，1999年5月，頁2-33。
3.邱澄吉、林朝欽、陳振榮著，瘧疾之剋星—含奎寧之金雞納樹，林業研究專訊，10卷3期，2006年 6月。
4.洪秋芬，日治初期台灣的保甲制度（1895~1903），中央研究院近代史研究所集刊，第21期，1992。
5.范燕秋，日治前期台灣公共衛生之形成（1895～1920）：一種制度面的觀察，思與言，第33卷第2期，1995年6月，頁215-258。
6.范燕秋，日治時期臺灣總督府宜蘭醫院初探，宜蘭文獻雜誌，第7卷，民國83年01月，頁1-38。
7.范燕秋，新醫學在台灣的實踐（1898～1906）—從後藤新平國家衛生原理 談起，新史學，第9卷第3期，1998年9月，頁49-86。
8.范燕秋，鼠疫與台灣之公共衛生（1896～1917），國立中央圖書館台灣分館館刊，第1卷第3期，民國84年3月，頁59-84。
9.范燕秋，醫學與殖民擴張—以日治時期臺灣瘧疾研究為例，新史學第7卷第3期，1996年9月，頁133-173。
10.若林正丈著，許佩賢譯，日本之臺灣殖民地支配史研究之成果（上），當代，87卷，民82年7月。
11.張芙美，日據時期的台灣衛生事業概況，慈濟技術學院學報，民國90年第3期，頁49-84。
12.許錫慶，日據時期在台防疫工作序幕戰—明治二十九年（1896）之鼠役流行始末，台灣文獻，第50卷第2期，1999年6月，頁251-275。
13.郭文華、黃文鴻，台灣醫療衛生發展百年大事記，台灣史料研究，第6卷，民國84年8月，頁130-141。
14.陳金生，「日治時代臺灣醫療制度」的回憶--以臺灣乙種醫師制度為主 (下)，臺灣史料研究，9 民86.05 頁119-132。
15.陳金生，「日治時代臺灣醫療制度」的回憶--以臺灣乙種醫師制度為主 (上)，臺灣史料研究，8 民85.08 頁21-34。
16.陳順勝，日據前期的西方醫療及其對台灣醫學之影響，科技博物，第6卷，第4期，民國91年7月，頁59-86。
17.黃國超，殖民、醫療與救贖—從日治時期井上伊之助的泰雅民族誌談起，通識教育年刊，第6期，2004年12月。
18.黃斌峰，日治時期台南地區近代醫療衛生體系運作與成效之初探，台灣風物，第52卷第3期，91年9月，頁67-121。
19.落合泰藏著、夏條久馬一註、賴麟徵譯，明治七年牡丹社事件醫誌 （下）， 臺灣史料研究第6期，1995年8月，頁107-129。
20.落合泰藏著、夏條久馬一註、賴麟徵譯，明治七年牡丹社事件醫誌 （上）， 臺灣史料研究，第5期，1995年2月，頁85-110。
21.劉士永，「清潔」、「衛生」與「保健」—日治時期臺灣社會公共衛生觀念之轉變，臺灣史研究，第8卷第1期，2001年10月，頁41-88。
22.劉士永，1930年代以前日治時期臺灣醫學的特質，臺灣史研究，中央研究院台灣史研究所籌備處，第4卷第1期，1997年4月，頁97-145。
23.劉士永，日治時期臺灣地區的疾病結構演變，新史學，第13卷第4期，民國91年12月，頁165-208。
24.劉翠溶、劉士永，臺灣歷史上的疾病與死亡，臺灣史研究，第4卷，第2期，1999年6月，頁89-131。
25.劉翠溶、劉士永著，淨水之供給與污水之排放—台灣聚落環境使研究之一，經濟論文，中央研究院經濟研究所，第20卷第2期，1992年，頁459-504。
26.謝獻臣，臺灣瘧疾：過去與現在，科學月刊，21卷第6期，民國79年6月，頁485-489。
27.謝獻臣主講、張惠莉整理，現代瘧疾諸問題，衛生報導，3卷第4期，民國82年4月，頁11-14。
28.顧雅文，日治時期臺灣瘧疾防遏政策--「對人法」？「對蚊法」？，台灣史研究，11卷2期，民國93年12月，頁185-222。

碩博士論文
1.謝振榮，「日本殖民主義下台灣衛生政策之研究」，中國文化大學日本研究所碩士論文，1989年。
2.陳君愷，「日治時代臺灣醫生社會地位之研究」，國立臺灣師範大學歷史學系，民國80年。
3.董宜秋，「台灣「便所」之研究（1895～1945年）——以「便所」興建及污物處理為主題」，國立中正大學歷史研究所，民國88年。
4.呂明純，「日本領台時期の衛生政策と公學校衛生教育」，東吳大學日本語文學系碩士論文，民國91年。
5.范燕秋，日據前期台灣之公共衛生—以防疫為中心之研究（1895～1920），國立台灣師範大學歷史研究所碩士班，1994年。
6.蔡易達，「台灣總督府基層統治組織之研究─保甲制度與警察」，文化大學日本研究所碩士論文，1988年。
7.賴郁雯，「日治時期台灣的衛生研究－以台灣總督府中央研究所衛生部為例」，中央大學歷史研究所碩士論文，1999年。

報紙：
臺灣時報
1.下條久馬一，台灣衛生四十年?偉績，第188號，1935年7月。
2.真倉民治，〈台灣とマラリア〉，《台灣時報》，大正14年4月號，頁10～11。
3.堀內次雄，台灣衛生事情と回顧，1935年3月。
4.堀內次雄，就南洋之風土病，1916年9月。
5.堀內次雄，「輓近台灣に於ける衛生狀態逆轉の原因乃其救策」，載台灣時報第20號，大正10年3月，頁5-61。
6.森下薰，熱帶醫學と台灣，第272號，昭和17年8月，頁84-85。
7.森下薰，說蚊，1912年07月。

台灣新報
1.麻拉里亞豫防大意，明治30年4月1日。
2.アノフエレス採集の實施，台灣日日新報，第1047號（明治34年10月27日）。