2001年1月28日修正公布施行的刑事訴訟法，將偵查中檢察官對於搜索及的決定權的規定予以刪除，延續1997年12月19日將檢察官對於羈押的決定權予以刪除的修正，自此審檢關係，步入一個新的紀元。該次的修正，著眼於在偵查程序中，對於犯罪嫌疑人的基本權利作最大的保障。
隨著人類理性的闡揚，透過歷來許許多多思想家的努力，基本權利的保障，成了國家制度的最重要任務。對於國家權力體系而言，權力分立原則的發展，以權力之間的區分以及制衡，構架完善的基本權利保護網絡，遂成為最基本的法則。在刑事訴訟法中，審檢分立，即是該原則的投射。並得進一步確定檢察官的性質，為行政官。
由於舊法時，檢察官行使搜索權造成許多的流弊，所以藉著本次修法，將偵查中的要式搜索權劃歸法院，以期待法院的中立、超然色彩，對於相對人或犯罪嫌疑人的保障發揮效用。但當法院行使這個權力時，已然侵入行政權的領域，違反權力分立原則，並背離司法權的本質，而不再中立、超然。而此時，也沒有其他的權力得以制衡法院，而處於基本權利侵害的危險狀態。所以修法之後，不僅犧牲偵查的效率，也不能達到基本權利保障的最大開展。何況，犯罪並不只單純是國家和犯罪嫌疑人之間的關係，還擴及到被害人與犯罪嫌疑人之間，乃至與國家的關係。所以刑事訴訟法應該發揮保護的對象，不應僅著眼於犯罪嫌疑人。
藉著修法，雖可徹底去除檢察官濫用搜索權的情形，但失之矯枉過正。為確實保障犯罪嫌疑人，在法律上，建構完善的救濟程序，以及對於濫用權限的情形分別處罰，是必要的。但最終的關鍵，仍然在於人民與公務人員的法治教育。藉著對刑事訴訟法動態的不斷調整，逐漸找到適合我國國情的制度。

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