現今實驗方法對於解出較大並在水溶液環境中的蛋白質立體結構有其限制。如果我們能利用電腦模擬計算的方法來得到蛋白質在水溶液中的立體結構，不但能得到實驗所無法得到的數據，相信對於更了解蛋白質的生物功能能有更深一層的了解。而要達到此目的，首先，必須有一套良好的填水方法，以控制液態水的密度。本論文將利用晶格結構去建構在計算水溶液環境中的蛋白質結構時所需的填水方法，並利用分子動力學軟體AMBER計算出蛋白質加入水溶液後區域的最小能量值，最後並將其應用在計算statherin與氫氧基磷灰石表面相連接的一小段胺基酸序列及螺旋體比例為100%的序列PSGLLLGQLLHK。

[1] G. King and A. Warshel, “A Surface Constrained All-atom Solvent Model for Effective Simulations of Polar Solutions,” J. Chem. Phys., 91(6), 3647-3661, 1989.
[2] H. Nada and J. P. J. M. van der Edrden, “An Intermolecular Potential Model For the Simulation of Ice and Water Near the Melting point : A six-site model of H O,” J. Chem. Phy., Vol. 118, 7401-7413, 2003.
[3] W. L. Jorgensen, J. Chandrasekhar, and J. D. Madura, “Comparison of Simple Potential Functions for Simulating Liquid Water,” J. Chem. Phys.,79(2), 926-935, 1983.
[4] V. Lounnas, S. K. Ludemann, and R. C. Wade, “Towards Molecular Dynamics Simulation of Large Proteins with A Hydration Shell at Constant Pressure,” Bio. Chem., Vol. 78, 157-182, 1999.
[5] J. P. Linge., M. A. Williams, C. A. E. M. Spronk, A. M. J. J. Bonvin and M. Nilges, ”Refinement of Protein Structures in Explicit Solven,” Proteins, 50:496-506,2003.
[6] M. W. Mahoney and W. L. Jorgensen, “A Five-site Model for Liquid Water and the Reproduction of the Density Anomaly by Rigid, Nonpolarizable Potential Functions,” J. Chem. Phys., Vol. 112, 8910-8922, 2000.
[7] P. S. Staton, G. P. Drobny, W. J. Show, J. R. Long, and M. Gilbert, “Molecular Recognition at the Protein-hydroxyapatite Interface,” Crit. Rev. Oral. Biol. Med., 14(5), 370-376, 2003.
[8] 陳振中，“生物礦化”，自然科學簡訊第十六卷第二期，民國九十三年五月。
[9] 謝大偉，“計算簡單水分子模型的凡得瓦爾半徑”，碩士論文，國立成功大學製造工程研究所，民國九十三年七月。