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研究生：	葉瓊玉 Yeh, Chiung-Yuh
論文名稱：	基因組k-mers分佈的模型之研究 A Modle for the Distributions of k-mers in Genomes
指導教授：	楊緒濃 Nyeo, Su-Long
學位類別：	碩士 Master
系所名稱：	理學院 - 物理學系 Department of Physics
論文出版年：	2004
畢業學年度：	92
語文別：	中文
論文頁數：	60
中文關鍵詞：	基因組、Erlang 機率分佈
外文關鍵詞：	genome, Erlang probability
相關次數：	點閱：134 下載：2
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　　微生物基因組已經被證明是很大的系統裡，存在著小系統的統計特性。例如：微生物基因組的成長是隨著片段複製來進行。因此，本論文比較人類基因組和微生物基因組在統計上的特性有何不同。發現脊索門的鹼基分佈圖(2-mers~8-mers)擁有明顯的雙峰特性(除了斑馬魚較不明顯之外)，其餘樣本分佈圖均為單峰特性，藉由此發現來探討雙峰的演化機制。另外，我們發現到只要是同一個生物，它們內部的各個染色體鹼基分佈圖都很像，這可能跟它們都是從同一個環境演化有關。在本文裡，也分析了人類基因組的一些特性，譬如2k-mers的information分佈會受到CG的影響；人類大部分的末端染色體所含的(C+G)比例較高，可能是跟穩定末端結構有關。

none

前言...........................................1
1 鹼基的結構.................................1
2 基因(基因組)的演化.........................2
3 突變的種類.................................3
k-mers圖形分佈.................................4
1 平均值及標準差.............................4
2 k-mers圖形分佈.............................6
圖形比較......................................10
1 hs_chr20,hs_chr21,hs_chr22內部(C+G的比較).10
2 人類染色體的比較..........................12
3 hs_chr21跟random sequence的比較...........13
4 hs_chr21第一峰分佈的探討..................15
5 hs_chr21內部結構的探討....................18
6 各種生物演化比較..........................20
Information...................................25
1 Entropy...................................25
2 Information...............................26
3 影響Information分佈的模擬.................27
Erlang機率分佈方程式..........................30
模型..........................................32
1 一般的基因組理有效得隨機序列長度..........32
2 CG次數上的限制............................35
3 隨機選取的片段複製長度以及單點突變........36
4 模型流程..................................36
結論..........................................41
參考文獻.........................................43
A  人類染色體末端序列k=2的組成比例圖.............45
B  程式碼........................................56
                                    

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[15] 染色體序列來源
老鼠、E. coli.、T. pal、fruit fly、yeast、A. thaliana的染色體序列取自NCBI網站http://www.ncbi.nlm.nih.gov/
人類染色體取自NCBI 2003/4 版本
雞的染色體取自 http://genome.wustl.edu
zebrafish染色體取自 http://www.sanger.ac.uk/DataSearch/databases.shtml

校內：立即公開
校外：2004-07-27公開

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