臺灣自17世紀進入歷史時期以來，除了歷經社會、文化、族群的劇烈變動外，作為承載人群與生物活動的生態環境亦發生重大變化。其中伴隨漢人大量前來臺灣的外來物種，更連同參與了臺灣環境的改造歷程，進一步形成華南漢人農業社會地景。本研究從歷史生態學的思考取徑出發，結合動物考古學的分析方法，配合歷史文獻及相關研究成果，探討臺灣進入歷史時期後的生態轉變。
位處臺南市麻豆區的水堀頭遺址，屬於17世紀晚期至19世紀上半的漢人港口聚落遺址，其中動物遺留以家豬、家犬為主，並可見水牛、黃牛、家馬、家貓、山羊、家雞等馴養動物，這些馴養物種又可細分為外來品種與外來物種。其中蔦松文化人群雖然馴養家豬與家犬，但從水堀頭遺址的豬隻臼齒尺寸、死亡年齡曲線與犬隻肩高、死後處理方式等資料來看，可發現漢人不僅傾向輸入原鄉的家豬、家犬，還呈現與原生族群相異的管理策略及互動方式。外來物種部分如水牛、黃牛、家馬、家貓、山羊等，則多為漢人農業社會的家畜家禽，一定程度取代史前時期的人獸互動關係。尤其水牛、黃牛屬於臺灣漢人農業社會的重要役畜，協助其將臺灣原生環境改造為農業地景；家馬是官方、軍事色彩較為鮮明的物種，並有民間飼養案例，這些大型家畜還有部分群體野化至臺灣生態環境中，並對原住民社會產生影響。另一方面，水堀頭遺址雖有梅花鹿、山羌等野生動物發現，然而數量十分稀少，可能表示麻豆地區的生態環境已遭破壞，野生動物又因過度獵捕、入侵外來種競爭而離去或消亡。
整體而言，水堀頭遺址出土獸骨幾乎全為外來引入的家畜家禽，缺乏臺灣原生物種遺留，反映歷史時期漢人文化的人獸互動關係強勢進入，依據華南漢人生業型態、飲食文化重新塑造臺灣的生態環境，呈現與史前時期截然不同的生態轉變。

Since the 17th century, Taiwan’s transition into the historical period has been marked not only by profound social, cultural, and ethnic transformations but also by significant ecological changes that shaped the interactions between human societies and the natural environment. Among these changes, the introduction of introduced species accompanying the large-scale migration of Han Chinese played a pivotal role in reshaping Taiwan’s environment, ultimately contributing to the formation of a South China Han agricultural landscape. This study adopts a historical ecology approach, integrating zooarchaeological analysis with historical documents and related research to explore the ecological transformations in Taiwan during its early historical period.
The Shueikutou site, located in Madou District, Tainan City, is a Han Chinese port settlement dating from the late 17th to the early 19th century. The faunal remains at the site are dominated by domesticated pigs and dogs, with additional evidence of water buffalo, cattle, horses, cats, goats, and chickens. These domesticated species can be further categorized into introduced breeds and species. While the Niaosong culture had already domesticated pigs and dogs, the Han Chinese preferred to import livestock breeds from their homeland. The dimensions of pig molars, age-at-death, wither height of dogs and the post-mortem treatment of dogs reflect the management strategies and interactions of the Han Chinese with these animals. The introduced species such as water buffalo, cattle, horses, cats, goats, primarily livestock and poultry integral to Han agricultural society, partially replaced the human-animal interactions of the prehistoric period. Notably, water buffalo and cattle were crucial draft animals in Han Chinese society, helping them transform Taiwan’s natural landscapes into agricultural terrains. Horse, associated with official and military functions, was also kept by civilians in some cases. Some populations of these large domesticated animals eventually became feral, impacting Taiwan’s ecosystems and Indigenous societies. On the other hand, wild animals such as Formosan sika deer and Formosan muntjac were found at the Shueikutou site but in extremely limited numbers, suggesting that the ecological environment in the Madou region had already been destroyed, with wild species either displaced or driven to extinction due to overhunting and competition from invasive alien species.
Overall, the faunal remains at Shueikutou site comprising almost exclusively introduced livestock and poultry, with a conspicuous absence of Taiwanese indigenous species. It illustrates the dominant entry of Han cultural human-animal interactions during the historical period, which reshaped Taiwan’s ecological environment according to the subsistence patterns of South China Han society. This represents a stark ecological transformation distinct from the prehistoric era.

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