隨著社會風氣變遷與結構轉變，昔日深藏暗櫃的同志族群如今能夠在世界各地的街頭上，積極請求權利保障，然而面對這股風潮，宗教形成了一股反動的力量，同志與信徒之間的對立，逐漸從公共論壇上的對峙，上昇到憲法基本權利的角力。面對國家法律要求平等對待同志族群，宗教團體與信徒則以宗教自由為抗辯理由，突顯出多元文化國下，不同文化族群之間必然的對立。然而此類憲法衝突，在國外已屢見不鮮，身為教徒的旅館業者、花店老闆不願意與同志交易，各式各樣的案例走上法庭，國家不得不採取立法行動保障雙方權利。
非主流性傾向作為長期社會與政治上的弱勢，歷經爭取與釋字第748號解釋的出爐，肯認了我國憲法保障同志不因性傾向而被拒於平等保護的大門外，然而宗教團體與信徒的宗教自由，是否因為國家的此等保護反而受到侵害？這個問題除了將會有平等權、宗教自由的衝突，也將考驗國家如何在第三人侵害基本權的憲法衝突結構中，立法機關如何落實國家保護義務、司法機關如何審理此類案件，而此時應參酌國外法例、憲法上兼容多元文化的原則、基本權保障個人自我實現的本旨，俾能使將來共存於社會的雙方適得其所，不受歧視。而台南神學院拒絕同志入學一案，可成為此類憲法衝突的本土指標之一，本案也涉及了宗教學校在我國的法律地位特殊性，宗教團體如何在辦學過程主張宗教自由，同志族群在第748號解釋以後又會面臨什麼困境，顯示出同志與宗教衝突的不同個案中，皆有其合憲性分析上的特殊性，而同志與宗教的爭議問題，也將隨著同志族群的權利保障，更加躍然紙上。

As the development of social trend, LGBT groups can now standing out and fight for their rights protection. However, the conflict between religious and homosexuality is acting in Taiwan society, which is no stranger to the western countries. This social phenomenon had been a new question for the government, anti-gay religious citizens or the religious organization refuse to provide services for the LGBT community, and all the similar case are brought a dispute before a court.
The alternative sexual orientation people had played a role as the social vulnerable groups, after the Constitutional Interpretation No.748 has announced, Taiwan's Constitutional Court finds restrictions against same-sex marriage unconstitutional. In the meanwhile it would test the government how to balance the interest between freedom of religion and equity rights of LGBT groups. Tainan Theological College and Seminary could be an indicative case for Taiwan society, which refused a homosexual person to apply for admission. The case represent the problem would happen in all kinds of the religious school, especially in the Theological College or Seminary, and it also shows that we are still lacking the knowledge of religious education system.

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