長久以來，地方派系的存在是台灣的地方政治的明顯特徵。國民黨威權統治時期，地方派系透過威權體制內之「恩庇—侍從」關係（patron-client relation），享有地方公權力與經濟利益的特權，而國民黨也藉由對國家政治、經濟上的壟斷利益，交換其政治的忠誠，藉以鞏固國民黨威權體制的統治基礎。2000年中央政權輪替，國民黨失去了對地方派系的「恩庇」基礎，就相關理論而言，勢必會對國民黨與地方派系的關係產生衝擊與影響。
本文選取雲林縣為個案研究對象，採文獻分析法和深度訪談法分析2000年政權輪替後國民黨與地方派系關係的演變。雲林縣一直以來是泛藍力量的最南端，也是國民黨最用心經營的縣市之一，但2005年縣長選舉，民進黨入主縣府，改變了以往國民黨與雲林地方派系的良好關係。民進黨執掌中央政權，到取得雲林縣政權，再到民進黨失去中央政權，國民黨和地方派系經歷了哪些變化？本研究探討雲林縣地方派系之起源與分佈及組織結構，特別是國民黨在雲林縣地方派系結構中扮演之角色，通過對2000政權輪替後前後歷次選舉結果之對比分析，意在解釋十年來國民黨在雲林縣地方選舉中對地方派系的影響極其演變過程如何。
本文發現，經過兩次中央政權輪替和一次雲林縣政權輪替，雲林地方派系與政黨關係不再密不可分，政權輪替加速了地方派系分裂與衝突。並且，民進黨亦正在地方派系化，對國民黨與地方派系關係構成衝擊。

For a long time, the existence of local factions is an obvious feature in Taiwan's local politics. Under the authoritarian rule by Kuomintang (KMT), local factions within the system through the power of “patron-client relation” relationships, enjoy the local political power and economic interests of the privileged. And the KMT exchange their political loyalty with Monopoly power, to strengthen the rule of the authoritarian regime basis. In 2000, Democratic Progressive Party (DPP) took national power, based on relevant theory; the KMT lost the resources for local factions. For that, the KMT and local factions will inevitably have an impact and influence the relationship.
This study discusses about Yunlin County as a case study used document analysis and interviews of political power after 2000, when the relationship between the KMT and local factions has changed. Yunlin County has long been the southernmost tip of the pan-blue forces, but the 2005 county elections, the DPP entered the county government, changing the good relations Kuomintang between the KMT and local factions. This study investigated the origin of local factions and its organizational structure in Yunlin County. This article intends to explain what the role of the KMT play after 2000 election and how local factions have evolved during 10 years.
The research found that, after two national elections (2000, 2008) and local elections (2005), the relationship between local factions and political parties in Yunlin has no longer inseparable, and the elections has accelerated the divisions and contradictions in the local factions. Meanwhile, local factions of the Democratic Progressive Party also come into being, which must impact on the relationship between the KMT and local factions.

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